Jerusalem Cinematheque została założona w 1973 roku przez Lia van Leer. Pierwotnie znajdowała się w Beit Agron w centrum Jerozolimy. Potem wybudowano nowy budynek z widokiem na mury Starego Miasta, w pobliżu doliny Hinnom. Oprócz sal projekcyjnych w Cinematheque mieści się Izraelskie Archiwum Filmowe, archiwum filmów z lat 20. XX wieku do czasów obecnych, Kolekcja kronik filmowych Nathana Axelroda, Centrum Multimedialnych Badań nad Holokaustem Joan Sourasky-Constantiner, Wydział Edukacji Filmowej i Medialnej oraz Biblioteka filmowa Lew i Edie Wasserman.